就本月18日早上隧道費服務商在西隧一度錯誤套用舊收費表，運輸署發言人表示，根據隧道費服務商當日初步的資料顯示，事故不涉及系統問題，而涉及人為因素，懷疑有人干預系統。為查明有關異常干預是否蓄意，因此警方主動介入調查。

調查顯示，事件因隧道費服務商的職員疏忽導致錯誤。首先，負責系統的職員為分時段收費實施而進行更新收費表時，過程中沒有即時清除一項舊有指令。在12月18日上午10時02分另一名負責營運的職員當進行日常運作批核時，錯誤一併批核該舊有指令，以致分時段收費表被舊收費表取代，因而錯收隧道費。根據警方調查發現，事件不涉及刑事成份。

運輸署已在12月20日召見隧道費服務商管理層，表達對事件的強烈不滿，而服務商亦按運輸署指示採取即時措施，加強監察系統的正常運作，防止系統被干預，包括內部人為錯誤干預或外來惡意干預，以及作出內部懲處，包括對相關人員作書面警告及終止主管人員的職務。另外，運輸署亦會安排獨立審計，檢視服務商的系統操作流程，以及已經在系統操作關鍵流程中加入須取得運輸署許可的雙重認證，以確保同類事件不再發生。

運輸署已收到隧道費服務商的報告，正詳細檢視調查報告的內容，並會要求服務商作進一步的改善。