目前在美國上市的大型上市公司，如港人熟悉的Google、Facebook 等公司，都是採用雙層股權結構。雙層股權結構的意思指把公司的股票分為A、B股兩類，公開發行的A股每股有1票投票權，而管理層持有的B股卻每股有較多票數的投票權，以Google 為例，B股每股有10票投票權。雙層股權結構可讓管理層保留較大的決策權，更放心的去作大膽創新的計劃，但同時卻令小股東的意見未能有效反映。然而，香港目前並不容許這種雙層股權結構。港交所一向信奉對所有股東一視同仁的原則，但這種這種雙層股權結構卻違背港交所的主張。
有消息指，阿里巴巴正跟港交所上市委員會進行談判，打算引入合夥人制度，讓合夥人有權提名董事會的大部分董事，即使合夥人提名的部分董事被股東否決，合夥人仍可繼續無限次提名，直至董事會的大部分董事由合夥人提名的人選構成為止。若然有關制度獲准推行，阿里巴巴將可提名過半數董事，屆時馬雲及一眾管理層將可保著其決策權，小股東權益隨時不受保障。消息指阿里巴巴的另外兩大股東日本軟銀集團(Softbank Corp.)和雅虎不在合夥人之列，但兩家公司經已同意有關計劃。
港交所上市委員會正在評估有關計劃，稍後將會提交證監會作最後審批。有意見指這個合夥人制度，比雙層股權結構更難以控制，因為管理層毋須理會股權比例就可穩住董事會的決策權。港交所擔心一但容許阿里巴巴的合夥人方案，會開創了一個極壞的先例。然而，有消息指阿里巴巴的上市計劃打算集資額高達1,600億元，是近年規模最大的IPO，港交所無理由會放過這塊「肥豬肉」。據報若合夥人方案未獲批準，阿里巴巴可能會遠赴華爾街上市。
07年阿里巴巴乘著港股衝破三萬點之時上市，股價單日被炒至逾四十元，市值一度超過二千億。當年不少股民及股評人均看好馬雲為首的管理層，認為可為股票長線增值，惟財技高超的馬雲於去年提出私有化計劃，動用一百八十億元，把坐擁一百四十億現金的阿里巴巴收歸旗下。換句話說，馬雲只動用了約四十億元就把阿里巴巴私有化，一轉手又可再集資過千億。