高鐵香港段開通至今，每日平均載客量僅5萬，遠遠不及當局的預期最高客量8萬人次，若果高鐵虧損，由港府全資擁有的九鐵公司隨時要補貼逾千萬元。 

據港鐵提供截至上周五的最新客量數據，高鐵香港段營運27日，總客量為130萬人次，日均接載約5萬客，遠低於當局最佳估算的8萬人次。當局早前預期高鐵香港段全年單日最高載客量可達到13.6萬人次，日均客量則為80,100萬人次，高峰期則約90,100萬人次。 

港府與港鐵簽訂的高鐵服務經營權協議，設有名為「乘客量上下調節機制」的補貼方案：若客量與預測數字有差距，高出預期15%有額外分紅，低於預期15%則要由港府全資擁有的九鐵公司，補貼港鐵7成損失。若按當局最佳估算的8萬人次估算，在客量僅及預期一半情況下，高鐵營運數據今年賬面虧損將高達1億1,100萬元，九鐵或需補貼數千萬元。 

高鐵亦多次傳出削減班次的消息。早前的十一黃金周長假期，被揭未能按高峰期班次開出127班長短途列車；而本月26日起，原本按周末時段班次表開出的12班列車，已告暫時取消。