據《路透社》報道，經查看公開文件後發現，華大基因與解放軍就懷孕初期產檢進行研發合作，進而收集過百萬孕婦基因數據，對人群特徵進行全面研究。美國認為，華大收集並分析人體基因資料已對美國構成國安威脅。

報道指，華大基因自2013年開始，推廣名為「胎兒染色體異常無創產前基因檢測」（NIFTY）的產前檢查，只要檢驗孕婦的血液檢體，就能知道胚胎是否患有唐氏綜合症等疾病。

華大基因表示，迄今全球已有逾800萬孕婦做過NIFTY檢測。這項產檢在全球至少52國銷售，包括英國、歐洲、加拿大、澳洲、泰國和印度等，但不包括美國。

華大向《路透社》證實，該公司利用送至香港實驗室的剩餘血液檢體和產前檢查取得的基因資料，進行人口研究。《路透社》發現，有500名以上接受產檢女性的基因資料儲存在中國政府資助、華大管理的深圳國家基因庫中，其中包括歐洲和亞洲女性。

該公司表示，他們已取得受檢者書面同意，且會在5年後銷毀海外的檢體和資料。然而，隱私權協議內提到，該公司收集的資料若與「中國國家安全或國防安全直接相關」，就可以對外分享。

華大基因堅稱，該公司從未基於國安或國防目的被要求提供、也從未提供NIFTY檢測所獲得的資料給北京當局。